Entre els fons comunitaris del pressupost de la UE tenen un paper molt significatiu els anomenats recursos estructurals. Aquests recursos són els anomenats fons estructurals europeus (FEDER, FSE, FEOGA-Orientació i IFOP) i, també, el Fons de Cohesió. Tant els fons estructurals com el Fons de Cohesió atenen a la finalitat d'afavorir un major grau de cohesió econòmica i social en l'espai comunitari a través del cofinançament de les polítiques de despesa pública desenvolupades pels estats membres i dirigides a la consecució d'aquest objectiu. En el cas dels fons estructurals europeus, en virtut del que estableixen els articles 158 i 160 del Tractat de la UE, aquesta finalitat es persegueix a través de polítiques encaminades a aconseguir un major equilibri entre els nivells de desenvolupament de les regions i dels territoris que componen la Unió, per la qual cosa la seva aplicació s'inscriu en l'àmbit de la política regional.
El Fons de Cohesió, atén, per la seva banda, a la finalitat d'afavorir el creixement econòmic i la convergència real dels estats membres de la Unió amb un menor nivell de desenvolupament, i intenta garantir que el creixement sigui compatible amb el manteniment dels equilibris macroeconòmics i pressupostaris fonamentals.
A Espanya, la coordinació de l'aplicació i la gestió dels fons estructurals i del Fons de Cohesió recau en el Ministeri d'Economia i Hisenda, a través de la Direcció General de Fons Comunitaris de la Secretaria General de Pressupostos i Despesas, la qual està enquadrada en la Secretaria d'Estat d'Hisenda i Pressupostos. Entre d'altres, aquesta Direcció General té atribuïdes les competències i les funcions següents:
- La negociació amb la Comissió Europea dels afers relacionats amb els fons estructurals europeus, especialment, pel que fa als objectius 1 i 2, així com dels afers relatius al Fons de Cohesió.
- La coordinació de les administracions territorials quant a la programació, el seguiment i l'avaluació dels fons estructurals comunitaris i del Fons de Cohesió, així com la coordinació de la resta de departaments ministerials responsables de la gestió de fons estructurals.
- L'elaboració d'estudis i la coordinació d'avaluacions de programes finançats amb fons estructurals europeus.
- L'anàlisi, la selecció i el seguiment dels projectes que han de ser finançats a càrrec dels recursos del Fons de Cohesió, del Fons de Compensació Interterritorial i del Fons de Terol.
- La proposta dels pagaments del Fons Europeu de Desenvolupament Regional i del Fons de Cohesió als beneficiaris finals.